Η εξέταση πραγματοποιείται με την είσοδο εύκαμπτου ειδικού σωλήνα από το στόμα, ο οποίος κατέρχεται μέχρι τη 2η μοίρα του 12κτύλου και ελέγχει για πιθανές ύποπτες βλάβες οι οποίες προβάλλουν στον αυλό του γαστρεντερικού σωλήνα. Ο σωλήνας λέγεται γαστροσκόπιο και φέρει οπτικές ίνες. Δηλαδή, ο εξεταστής έχει τη δυνατότητα άμεσης επισκόπησης του αυλού των οργάνων και έτσι ανιχνεύει τυχόν ύποπτες βλάβες ή έλκη. Η εξέταση κρατάει λίγα λεπτά της ώρας και μπορεί να πραγματοποιηθεί σε γαστρεντερολογικό ιατρείο, σε Μονάδες Εντατικής αλλά και στο χειρουργείο με το ασθενή σε αριστερή πλάγια κατακεκλιμένη θέση. Συνήθως χορηγείται στη αρχή αναισθητικό σπρέι που αναισθητοποιεί το λαιμό του αρρώστου μειώνοντας το αντανακλαστικό του εμέτου και παράλληλα χορηγείται ενδοφλέβια καταστολή, για να γίνει η εξέταση απόλυτα ανεκτή. Πριν την είσοδο του οργάνου, τοποθετείται στοματοδιαστολέας έτσι ώστε ο ασθενής να μη δαγκώσει το ενδοσκόπιο και να μην τραυματιστούν τα δόντια και η γλώσσα.
Απεικόνιση του βλεννογόνου του στομάχου σε γαστροσκόπηση
Για τη διενέργεια γαστροσκόπησης δεν απαιτείται ιδιαίτερη προετοιμασία. Θα πρέπει ο ασθενής να είναι νηστικός για τουλάχιστον 8 ώρες πριν τη διενέργεια της εξέτασης. Καλό θα είναι πριν την εξέταση να έχει προηγηθεί καλή στοματική υγιεινή.