Σχηματική απεικόνιση κολονοσκόπησης
Η εξέταση πραγματοποιείται με την είσοδο οργάνου κατάλληλης διαμέτρου και μήκους ώστε να είναι δυνατή η εξέταση του παχέος εντέρου σε όλη την έκτασή του, το οποίο φέρει οπτικές ίνες. Δηλαδή, με το όργανο αυτό ο εξεταστής ενδοσκόπος μπορεί και βλέπει σε οθόνη τον αυλό του οργάνου και να κάνει παρατηρήσεις σχετικά με πιθανές ανωμαλίες του βλεννογόνου. Υπάρχουν άκαμπτα και εύκαμπτα ενδοσκόπια, αλλά τα τελευταία χρόνια χρησιμοποιούνται σχεδόν κατά αποκλειστικότητα τα εύκαμπτα τα οποία και πλεονεκτούν. Ο ασθενής κατά την εξέταση γυρίζει στα πλάγια και το όργανο προωθείται διαμέσου του ορθού. Κατά την εξέταση ο ενδοσκόπος εισάγει από καθετήρα του κολονοσκοπίου αέρα στον αυλό, ο οποίος φουσκώνει κι έτσι γίνεται πιο εύκολη η επισκόπηση του εντέρου. Λόγω της πιθανότητας να μη γίνει ανεκτή η εξέταση από τους ασθενείς, πριν της έναρξή της χορηγείται στους εξεταζόμενους ήπια καταστολή. Η διάρκεια της εξέτασης κυμαίνεται από 15 έως 60 λεπτά της ώρας.
Εικόνα από κολονοσκόπηση, όπου απεικονίζεται ο φυσιολογικός βλεννογόνος του παχέος εντέρου
Την προηγούμενη ημέρα από την εξέταση, ο ασθενής θα πρέπει να ακολουθήσει συγκεκριμένη δίαιτα με υδαρείς τροφές (νερό, τσάι, σούπα, αφεψήματα) Απαραίτητος είναι και ο πλήρης καθαρισμός του αυλού του εντέρου από το περιεχόμενο και αυτό γίνεται με ειδικά καθαρτικά σκευάσματα που χορηγούνται από το στόμα μαζί με νερό. Επειδή η χορήγησή τους απαιτεί την κατανάλωση μεγάλων ποσοτήτων νερού, θα πρέπει η διάρκεια της προετοιμασίας να είναι αρκετή ώστε το νερό να μην καταναλωθεί γρήγορα και προκαλέσει δυσφορία στον εξεταζόμενο. Παράλληλα, πολλοί ενδοσκόποι συστήνουν και υποκλυσμό το πρωί της εξέτασης. Η προετοιμασία εντέρου θεωρείται πλήρης όταν οι κενώσεις του ασθενούς είναι υδαρείς διαρροϊκές ή καθαρές (διαυγείς).. Επειδή πολλοί ασθενείς λαμβάνουν συστηματικά φαρμακευτική αγωγή για άλλα προβλήματα υγείας, συνήθως χωρίς να σχετίζονται αυτά με την κολονοσκόπηση, θα πρέπει να ενημερώνεται ο εξεταστής για αυτά με λεπτομέρεια. Κάποια σκευάσματα, ιδιαίτερα τα σχετιζόμενα με την πήξη του αίματος και τα αντιφλεγμονώδη θα πρέπει να διακόπτονται πριν την εξέταση προς αποφυγή παρενεργειών. Επίσης οι ασθενείς θα πρέπει να ενημερώνουν το γιατρό τους για τυχόν ιστορικό αλλεργικών αντιδράσεων.