Συνήθως η εξέταση αυτή πραγματοποιείται όταν ο γιατρός κρίνει ότι δεν χρειάζεται ο ασθενής να υποβληθεί σε πλήρη κολονοσκόπηση, όπως συμβαίνει πολλές φορές με νεαρά άτομα. Στόχος της εξέτασης είναι η ανίχνευση τυχόν παθολογίας από το παχύ έντερο, όταν υπάρχουν συμπτώματα, όπως αιμορραγία από το ορθό, διάρροιες, αλλαγές στις εντερικές συνήθειες και αλλαγές στο σχήμα ή στη σύσταση των κοπράνων. Πρέπει να σημειωθεί ότι ο καρκίνος του παχέος εντέρου ανιχνεύεται σε μεγαλύτερα ποσοστά στο σιγμοειδές και στο ορθό, οπότε η εξέταση αυτών των τμημάτων είναι ύψιστης σημασίας.
Εικόνα από ορθοσιγμοειδοσκόπηση, όπου απεικονίζεται λίαν ευμεγέθης κακοήθης βλάβη στο σιγμοειδές που αποφράσσει τον αυλό του εντέρου
Η ορθοσιγμοειδοσκόπηση είναι γενικά ασφαλής εξέταση, όταν πραγματοποιείται από έμπειρους εξεταστές.
Μια πιθανή επιπλοκή είναι το παρατεταμένο αίσθημα δυσφορίας για μερικές ώρες μετά την εξέταση, λόγω της εμφύσησης του αέρα κατά τη διάρκεια της εξέτασης. Το αίσθημα αυτό υποχωρεί μετά την αποβολή των πρώτων αερίων.
Άλλη ανεπιθύμητη ενέργεια, ιδιαίτερα μετά από πολυπεκτομή είναι η αιμορραγία και συνήθως είναι περιορισμένη. Η αιμορραγία μπορεί να σταματήσει χωρίς επέμβαση ή να ελεγχθεί μέσω της ενδοσκόπησης με απολίνωση ή διαθερμία.
Σοβαρότερη επιπλοκή είναι η διάτρηση του παχέος εντέρου που απαιτεί άμεση χειρουργική επέμβαση. Ο εξεταστής οφείλει να αντιληφθεί έγκαιρα την παρουσία της επιπλοκής ώστε να μην κινδυνεύσει ο ασθενής.